春回大地，更逢慢羊羊村長100周年慶典。慢羊羊的坐騎老蝸牛(snail)卻突然之間之間之間病倒，經過搜檢，村長感到如臨大敵，打算潛入蝸牛身上消滅引起這個病變的病毒。小羊(lamb)們覺得危險，要代替村長前往蝸牛的身體上消滅病毒。沒想到灰太狼(wolf)偷聽到，也要進入蝸牛體內捉小羊。
　　喜羊羊、沸羊羊、懶洋洋和美羊羊到了蝸牛的兩隻觸角上。喜羊羊和美羊羊還沒搞清楚這是個什麽地方，就被白菌(白牛)士兵強行征召入伍當兵。而且不須新兵練習，直接就拉上戰火連天的前線。
　　在軍營內得知，這是個位於蝸牛觸角上的細菌國度——白牛國。最近這個蝸牛世界不再平靜，終日發生地震。國王斷定一定是處在另一隻觸角上的黑菌(黑牛)王國——黑牛國搞的鬼，為了消滅邪惡的黑牛國，阻止這場細菌感染，白牛國征集了全國兵力，發動了戰爭。既然大家的目的一致，喜羊羊參加到了白牛國的軍隊，一同和黑牛國的細菌作戰。
　　兩國在國境線上擺開戰場，喜羊羊發現黑牛國竟然是灰太狼領軍,更造出新式武器坦克和飛機，白牛國全軍潰敗，還被重重包圍。
　　喜羊羊攜帶而來的通訊器一向沒有信號，為了和村長取得聯絡，喜羊羊要經過危險禁地——漩渦黑森林(forest)，這裏菌跡罕至，一旦進入九死一生。但喜羊羊依然毅然出發，經太長途跋涉，在即將到達森林出口的時候，不幸遇上了神秘的細菌蠻族(黃牛)，雖然喜羊羊逃脫出來，可是通訊器卻落入了蠻族手上。灰太狼更成為他們的軍師，造出許多控製細菌的控製器，一舉消滅黑牛和白牛兩個細菌王國，事成過後，那兩國細菌是蠻族的糧食，而小羊則由灰太狼享用。
　　浩浩蕩蕩的蠻族細菌大軍將他們兩國包圍得水泄不通，並揚言要將兩國細菌都作為他們的食糧。兩個國王都萬萬想不到，一貫溫順、與世無爭的蠻族細菌竟然就是引致這個世界病變的真正根源！
　　正當灰太狼得意之時，沒想到自己也給黃牛蠻族細菌大王吃掉。
　　喜羊羊為救眾人，與黃牛開展生死大戰，最終更犧牲救回小灰灰，令灰太狼答應以後再不吃一根羊毛。
　　最終，蝸牛終於複興了康健，小羊們和灰太狼夫婦也回到了草原上，但灰太狼卻在慶功會上發難，並表示自己並沒有違背誓約——一根羊毛也不吃，那可是剝了皮再吃！不料喜羊羊卻早有預備，反製住了灰太狼。其他小羊憤怒地要把灰太狼消滅時，喜羊羊倒把他們放走——因為，世間天地萬物自有他存在的道理，不能輕言消滅 ——青青草原上，羊和狼的悲哀故事還將永遠持續！